Авария на Чернобыльской атомной электростанции 26 апреля 1986 поставила перед учеными УкрНИГМИ огромную проблему: наладить постоянный контроль (мониторинг) миграции радиоактивных загрязнений (как в 30-километровой зоне отчуждения, так и за ее пределами, то есть по всей территории государства) не только воздушным , но и водным путем. Последний фактор был признан приоритетным, учитывая продолжительность и коварство его действия воду из Днепра пьет и использует для орошения, пожалуй, большая часть населения Украины. Для проведения этих работ в институте было организовано Отдел радиационного мониторинга природной среды, оснащен современной лабораторной и аналитической техникой. Сейчас в отделе действуют три гамма-спектрометрические комплексы с эффективными полупроводниковыми германиевыми детекторами, используются методы твердотельной и жидкостно-сцинтилляционной спектрометрии, альфа- и бета-радиометрии, применяются современные радиометры для изучения содержания радона и продуктов его распада в воздухе, воде, почве и совершенные Пробоотборщики для аэрозолей, воды, почв и донных отложений. В его распоряжении находится также комплексная плавучая лаборатория – теплоход «Георгий Готовчиц», с помощью которого регулярно проводились обследования рек Припять, Днепр и водохранилищ днепровского каскада. Полученные результаты легли в основу обоснования водоохранных мероприятий, осуществляемых в зоне отчуждения ЧАЭС и на водохранилищах. На выполнение этих рекомендаций было реализовано ряд инженерных мероприятий (построено защитные дамбы, выполнено дренажи, построено защитные барьеры, регулирующие поступление радионуклидов в водные системы, разработана стратегия вывода водоема-охладителя ЧАЭС с эксплуатации и т.д.).
Опыт, приобретенный при изучении радиоактивности в водохранилищах Днепровского каскада, было использовано в исследованиях радиоактивно загрязненных водных объектов в общем, и в частности для выявления радионуклидов в Дунае и Черном море.