Успехи протестантов нанесли сильный удар по католической церкви, которая постепенно теряла свою власть над христианским миром. Долгое время в Риме не до конца осознавали суть реформационного движения и его возможных последствиях. Только в середине XVI в., С потерей политического влияния в Италии и в Европе в целом, папство начало цукаты пути противодействия Реформации. Решительное наступление на протестантов и начало реформирования католической церкви связаны с понтификатом папы Павла III (1534-1549).
Система мер, направленных на внутреннюю реорганизацию и укрепление позиций католической церкви и на борьбу за искоренение протестантских идей, известная в истории как Контрреформация. ее активно поддержали правители Испании, Франции, части немецких и итальянских княжеств, в которых католицизм оставался ведущей религией.
В системе мероприятий проведения Контрреформации важная роль принадлежала инквизиции, книжной цензуре, новым религиозным орденам, в частности ордена иезуитов, деятельности и постановлениям Тридентского собора.
Противники Реформации считали необходимым действовать принудительными средствами. Эти задачи прежде были возложены на «Святую инквизицию». Сама по себе эта организация существовала еще с XIII в. и занималась борьбой с ересью. В 1542 г. по инициативе кардинала Джованни Караффа был создан Верховный инквизиционный трибунал в Риме. Трибунал получил неограниченную власть в делах католической веры и должен был вести процессы против еретиков – протестантов во всем мире. В разные страны приезжали инквизиторы, которые пытались контролировать не только действия, но и помыслы людей. От них не было спасения. Католическая церковь поощряла доносы и клевету на сторонников новой веры. От имени инквизиции был осужден и сожжен как еретиков тысячи протестантов. их имущество передавалось доносчикам. Жертвами инквизиционного трибунала стали также образованные люди эпохи, выдающиеся ученые Джордано Бруно, Томмазо Камгианелла, Галилео Галилей и многие другие.
Террор инквизиции дополнялся суровой книжной цензурой. У1543 г. кардинал Караффа запретил без разрешения инквизиторов издавать книги. Появились первые каталоги с перечнем запрещенной литературы, а 1559 в Риме опубликовали «Индекс запрещенных книг», обязательный для всей католической церкви. Этот список состоял из произведений протестантов и книг авторов, чьи мысли не совпадали с нормами жизни католической церкви. В «черный реестр» попали произведения Эразма Рог – тердамського, Джовании Боккаччо, Ульриха фон Гуттената др.. Среди запрещенных оказалась даже книга, одним из составителей которой был сам кардинал Караффа.