Переход Мазепы на сторону Карла XII стал толчком к осуществлению давно вынашиваемого царем плану наступления на автономном устройстве Украины. Лишая старшин “предателей” их имений, царь под предлогом защиты народных интересов вмешивался во внутренние дела Украины. Смутное время после Полтавы деморализовали высшее состояние украинского общества. Имея перед глазами поражение самостоятельных попыток, старшина стремилась хотя закрепить свое материальное положение. Корыстолюбие, погоня за имениями, притеснения подданных, коррупция стали повседневными явлениями украинской жизни. Все это заставляло массы искать защитника хоть в российской администрации, которая сама призвала украинского подавать жалобы на местную старшину.
В свою очередь и в среде старшины – единственного класса, имел экономическую силу – не исчезали оппозиционные настроения по центристской политики Петра I. Выразителем мыслей и надежд украинского старшины после смерти Скоропадского (он, хоть и робко, пробовал защищать права Украины) стал черниговский полковник Павел Полуботок, наказной гетман 1722-1724 гг Ранняя украинская историография изображала его народным героем и мучеником за дело Украины, особенно акцентируя смелую речь Полуботка, якобы произнесенную перед Петром I: ” Ты, государь, ставишь себя над законами, мучаешь нас единственной властью своей и бросаешь в вечное заключение, присвоив в казну собственное имущество наше… Мы просили и просим от имени всего народа о пощаде Отечества нашего, беспощадно гонимой и безжалостно разрушаемой ; пожаловать о восстановлении прав наших и привилегий, торжественными договорами утвержденных, которые и ты, государь, несколько раз подтверждал. Народ наш, единоплеминний и единоверному твоему народу, укрепил его и возвеличил царство твое добровольным соединением своим в такое время, когда еще в нем все было в зародыше и получалось из хаоса неопределенных времен и почти из ничтожества…. За то все получили только поношения и ярость, и вместо благодарности брошены в худшее рабство платить дань несносную и позорную, и вынуждены копать каналы и линии и осушать непроходимые болота, удобряя все то телами наших умерших, гибнущих целыми тысячами от невзгод, голода и климата…. Чиновники московские, не зная прав и обычаев наших и почти безграмотные, знают только то, что они властны делать с нами все, не касаясь разве что душ наших…. Бросать народы в рабство и владеть рабами и невольниками есть дело азиатского тирана, а не христианского монарха… Сделаешь ты непременно отчет перед царем царей, всемогущим Богом за смерть нашу и всего народа “. Поздние исследователи сомневаются в подлинности этой речи, приписывая ее автору ” Истории русов “.
Деятельность Полуботка по консолидации старшины, реформаторские мероприятия в области судопроизводства, энергичная борьба с вновь 1722 Малороссийской коллегией и смелое противопоставление могущественному в то время тирану свидетельствуют, что в лице Павла Петр недаром видел опасную для своих планов покорения Украины личность. Еще во время выборов Скоропадского 1708 кандидатуру Полуботка отклонил российское правительство, 1722 г. его не утвердили наказным гетманом, еще 1737, через двенадцать лет после смерти Полуботка, на Стародубщине петербургский майор разыскивал портреты “предателей” Мазепы и Полуботка. Статья же академика Василенко ” Печальный юбилей”, написанная в 1924 г., увидела свет только в декабре 1990 г. Полуботок пугал своими идеями даже через 200 лет после смерти (правда, уже не царских чиновников, а создателей Советского Союза).
Успешные меры Полуботка в области внутреннего управления и судопроизводства в Украине, что лишали смысла деятельность Малороссийской коллегии, настоятельные петиции в Петербург о выборах гетмана не на шутку обеспокоили самодержавие, и в середине 1723 Полуботка, Чарныша и Савича вызвали в столицу и посадили в Петропавловской крепости. Впоследствии арестовали еще и старого Апостола, Лизогуба, Жураковский, других старшин. Часть из них, в том числе и сам Полуботок, умерли во время следствия, уцелевших освободили после смерти Петра I в начале 1725, но уже не отпустили в Украину, чтобы ” народу малороссийском дальнейшем от таких обид разорения не было”.
На Полуботку и единомышленниках завершился разгром украинской авто- номистичнои старшины. На руководящие должности теперь выбирали послушных российскому правительству людей, далеких от всякой политики, и те действовали вместе с Малороссийской коллегией. Народные массы, защитником которых выставлял себя Петр, скоро почувствовали его политику на себе. Когда Вельяминов с Малороссийской коллегией наложил руку на финансы Украины, налоги деньгами и натурой неизмеримо выросли. Непосредственно в Москву 1725 из Украины было отправлено 244255 руб., Тогда как 1722 эта сумма составляла только 45527 руб. Обыватели, использовано царизмом в борьбе против старшины, с каждым годом приближалось к российскому крепостничества при всей демагогию российского правительства, якобы заботился о его защите от притеснений старшины. Некоторое облегчение в положении Украины наступило только через два года после смерти Петра I. Регент малолетнего царя Петра II Меншиков вошел в конфликт с Малороссийской коллегией, которая обложила налогами его украинские поместья, и 1727 Малороссийская коллегия была ликвидирована. Одновременно отменив некоторые налоги, Верховная Тайная Рада запретила московитам покупать землю в Украине и наконец позволила выборы гетмана.