После окончания войны, бывшие азовские казаки надеяться на частичный возврат «прав и вольностей» и земель бывшего Войска Запорожского Низового. Однако не только Турция, но и Российская империя не могла этого допустить. В течение пяти лет так называемое Отдельное Запорожское Войско оставалось без определенного места поселения, воинских обязанностей и статуса. Наконец, «турецким запорожцам» предложить поселиться на побережье Азовского моря, на землях между Бердянском и Мариуполем, и назваться Азовским казацким войском. За три с половиной десятка лет своего существования численность Азовского войска, вместе с семьями, достигла почти 11 тыс. человек.
В обязанности войска входила охрана переправы на р. Берди и патрульная морская служба на баркасах вдоль северо-восточного побережья Черного моря – от Керчи до Поти (Грузия). Прежде им приходилось противостоять турецким контрабандистам, которые искали связей с горными народами Кавказа. За несение военной службы казаков освобождали от повинностей и налогов. Кроме исполнения воинских обязанностей, они хозяйничали на земле.
Однако в течение 1862-1864 гг. часть казаков силой переселили на Кубань и Северный Кавказ. Недовольные такими действиями царского правительства, они восстали, но были разбиты русскими регулярными войсками. В октябре 1864 царским указом Азовское казачье войско было ликвидировано, а тех казаков, которые остались на освоенных землях, перевели в сословие государственных крестьян. Так Российская империя расправилась с еще одним украинским казацким образованием.